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- Full title :Numerische Simulation in der Moleküldynamik : Numerik, Algorithmen, Parallelisierung, Anwendungen / von Michael Griebel, Stephan Knapek, Gerhard Zumbusch, Attila Caglar.
Summary
Das Buch behandelt Methoden des wissenschaftlichen Rechnens in der Moleküldynamik, einem Bereich, der in vielen Anwendungen der Chemie, der Biowissenschaften, der Materialwissenschaften, insbesondere der Nanotechnologie, sowie der Astrophysik eine wichtige Rolle spielt. Es führt in die wichtigsten Simulationstechniken zur numerischen Behandlung der Newtonschen Bewegungsgleichungen ein. Der Schwerpunkt liegt hierbei auf der schnellen Auswertung kurz- und langreichweitiger Kräfte mittels Linked Cell-, P$/\3$M-, Baum- und Multipol-Verfahren, sowie deren paralleler Implementierung und Lastbalancierung auf Rechensystemen mit verteiltem Speicher. Die einzelnen Kapitel beinhalten darüberhinaus detailierte Hinweise, um die Verfahren Schritt für Schritt in ein Programmpaket umzusetzen. In zahlreichen farbigen Abbildungen werden Simulationsergebnisse für eine Reihe von Anwendungen präsentiert.
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- Publication Date:2004.
Publication Statements
- Publisher(s):Imprint, Springer, Springer Berlin Heidelberg
- Place of Publication:Berlin, Heidelberg
- Language:ger
- Publication Date:2004.
The Physical Object
- Description:1 online resource.
Edition Identifiers
- ISBN:9783642187797, 364218779X, 9783540418566, 3540418563
- DOI:10.1007/978-3-642-18779-7
- oclc:ocn913708248
- LC Classification:QA71-90
- Dewey Decimal:004
Table of Contents
1 Computersimulation -- eine Schlüsseltechnologie -- Von der Schrödingergleichung zur Moleküldynamik -- Die Schrödingergleichung -- Eine Herleitung der klassischen Moleküldynamik -- Ein Ausblick auf ab initio Moleküldynamik-Verfahren -- Das Linked-Cell-Verfahren für kurzreichweitige Potentiale -- Die Zeitdiskretisierung -- das Störmer-Verlet-Verfahren -- Implementierung des Basisalgorithmus -- Der Abschneideradius -- Das Linked-Cell-Verfahren -- Implementierung der Linked-Cell-Methode -- Erste Anwendungsbeispiele und Erweiterungen -- Thermostate, Ensembles und Anwendungen -- Parallelisierung -- Parallelrechner und Parallelisierungsstrategien -- Gebietszerlegung für die Linked-Cell-Methode -- Implementierung -- Leistungsmessung und Benchmark -- Anwendungsbeispiele -- Erweiterung auf kompliziertere Potentiale und Moleküle -- Mehrkörperpotentiale -- Potentiale mit festen Nachbarschaftsstrukturen -- Zeitintegrationsverfahren -- Fehler der Zeitintegration -- Symplektische Verfahren -- Multiple Zeitschrittverfahren -- das Impuls-Verfahren -- Zwangsbedingungen -- der Rattle-Algorithmus -- Gitterbasierte Methoden für langr eichweit ige Potentiale -- Lösung der Potentialgleichung -- Kurz- …
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